高研院由学校党委和行政直接领导，学校负责审定高研院发展规划、重大项目和资源配置等重大事项，高研院负责资源统筹、项目谋划、对接协调和日常运行保障等。高研院的管理实行院长负责制，院长由学校副校长兼任，代表学校全面领导高研院工作。设副院长若干名，其中一名为常务副院长，由学校选派，主持高研院日常行政、科研和管理工作。设秘书岗位三个，行政综合秘书、人才人事秘书、成果转化秘书。

高研院内部采用“1（一个管理运行中心）+N（多个项目中心）”的协同发展模式。管理运行中心是高研院的中枢管理机构，下设行政综合中心、高端人才引育基地、科技成果转化通道等；N个合作项目/研究中心以实体化与轻资产相结合的方式，围绕产业技术研发、未来教师发展、科技创新引智、成果孵化转化等，组建若干研究中心或项目研发部，实行项目负责人制，开展有组织的科研和人才培养。

高研院党组织按照学校党委规定设立，发挥政治核心作用，保证监督党的路线方针政策及学校决策部署在高研院的贯彻执行。